Ungeachtet ihrer gegenteiligen Versicherungen halten die Cardassianer nach wie vor Bajoraner in ihren Arbeitslagern gefangen. Major Kira überfällt gemeinsam mit O'Brien - offenbar ohne Erlaubnis der Sternenflotte - ein solches Lager und befreit die Gefangenen, unter denen sich auch ein totgeglaubter Kriegsheld befindet, den Kira nach Bajor zurückbringt. Major Kira muss die für sie desillusionierende Erfahrung machen, dass die vorläufige Regierung von Bajor hochgradig korrupt ist. Hinzu kommt: Commander Sisko verliert das Kommando über DS9...

Kira wird durch den bajoranischen Minister Jaro von ihren Pflichten entbunden und kehrt nach Bajor zurück, um die Aktivitäten einer Untergrundbewegung zu enthüllen, die sich "der Kreis" nennt. Sie wollen die provisorische bajoranische Regierung stürzen und arbeiten mit den Cardassianern zusammen. Kira wird von Vedek Bareil begleitet. Als sie sich entschließt, nach DS9 zurückzukehren, wird sie von dem "Kreis" gefangengenommen. Hier kommt es zu einem unerwarteten Wiedersehen mit Minister Jaro. Währenddessen kämpfen drei Priester um das Amt des Kai, des religiösen Führers Bajors, darunter sind Vedek Bareil und Vedek Winn...

Während Sisko ein waghalsiges Manöver ausführt, um die bajoranischen Übernahmetruppen davon abzuhalten, DS9 zu besetzen, begeben sich Kira und Dax auf eine verzweifelte Mission, um die Wahrheit über den Coup der provisorischen Regierung zu enthüllen. Danach werden einschneidende politische, soziale und religiöse Veränderungen auf Bajor eingeleitet...

Infolge eines Plasmasturms musste die Station bis auf eine dünne Notbesatzung evakuiert werden. Da tauchen vier Terroristen unter der Führung des wahnsinnigen Trill Verad auf, die die Besatzung in ihre Gewalt bringen. Verad, der von der Kommission zur Vergabe der Symbionten aufgrund seiner labilen Persönlichkeit abgelehnt worden war, verlangt Jadzias Symbionten - oder er tötet alle Anwesenden. Obwohl Jadzia weiß, dass sie ohne die Organe des Symbionten Dax nicht überleben wird, willigt sie ein, um ihre Freunde zu retten...

Der kleine Rugal ist Cardassianer. Wie viele Kinder wurde er auf Bajor zurückgelassen, als die Cardassianer den verwüsteten Planeten räumten. Doch Rugals Äußeres sollte nicht täuschen - denn der Junge ist durch und durch Bajoraner. Von bajoranischen Adoptiveltern erzogen, wuchs er in bajoranischen Sitten und Gebräuchen auf - und hasst die Cardassianer, wie seine Eltern es tun. Als Rugal mit seinem Ziehvater nach DS9 kommt, sorgt die Anwesenheit des Jungen für ziemliches Aufsehen - und sorgt dafür, dass Gul Dukat einen schwerwiegenden Verdacht äußert...

Dr. Bashir verliebt sich in eine Wissenschaftlerin, die von einem Planeten mit niedrigerer Schwerkraft stammt und sich deshalb auf DS9 nur mit einem speziell für sie angefertigten Rollstuhl bewegen kann, woraufhin Bashir eine Technik entwickelt, die sie von ihrem Rollstuhl befreien könnte...

Eine Ferengi-Dame in männlicher Verkleidung ist zu Gast auf DS9. Quark durchschaut ihre Maskerade jedoch sehr schnell und verliebt sich unsterblich in die nach seiner Meinung unwiderstehliche Lady. Eine neue Rasse, das Dominion, tritt erstmals in Erscheinung und werden von nun die Crew auf DS9 beschäftigen...

Ein Anschlag auf Quarks Leben bringt Odo Auge in Auge mit einem fünf Jahre alten ungelösten Mordfall, in dem Kira eine der Hauptverdächtigen war und die Station noch in den Händen der Cardassianer. Man sieht, wie die Station in der Zeit aussah, bevor sie zur Sternenflotte gehörte, warum Odo Sicherheitschef wurde und wie er sich mit Kira anfreundet...

Am vierten Jahrestag der Schlacht um Wolf 359, in der Siskos Frau Jennifer ums Leben kam, trifft der Commander auf dem Promenadendeck eine geheimnisvolle Frau, die sich ihm als Fenna vorstellt. Und in die er sich sofort verliebt. Doch ebenso schnell wie sie erschien, verschwindet die Schöne wieder. Nachforschungen über ihren Verbleib bleiben erfolglos. Zur selben Zeit weilt der geniale Wissenschaftler Seyetik auf DS9, um sein neuestes Experiment durchzuführen - die Wiederbelebung einer erkalteten Sonne. Sisko erkennt in Seyetiks Frau Nidell seine Fenna wieder...

Ein Schiff taucht aus dem Wurmloch auf und in ihm befinden sich vier humanoide Personen der bisher unbekannten Rasse der Skrreeaner aus dem Gamma-Quadranten. 3 Millionen mehr warten auf eine neue Welt, da sie von ihrer eigenen vertrieben wurden. Die Führerin Hannek freundet sich mit Kira an. Die Sternenflotte findet schließlich eine passende Welt, aber die Skrreeaner haben sich in den Kopf gesetzt, dass Bajor das Land ihrer Träume ist...

Der Schwindler Martus, ein Empath, der seinen armen Opfern durch aktives Zuhören ihre Geheimnisse entlockt, sitzt auf DS9 in der Arrestzelle. Von seinem Zellenkumpanen bekommt er ein fremdartiges Glücksspielgerät, das er nach seiner Entlassung zunächst an Quark verkaufen will. Als der Ferengi ablehnt, läßt Martus das Gerät in großen Mengen replizieren und eröffnet kurzerhand ein eigenes Casino auf DS9. Während Quark alle Kunden davonlaufen, weil alle Martus´ neue Spiele testen wollen, mehren sich auf der Station seltsame Vorfälle...

Mora Pol kommt auf DS9 - der bajoranische Wissenschaftler, in dessen Obhut Odo nach seiner Entdeckung übergeben wurde. Obwohl Odo, für den die Anwesenheit Moras schmerzliche Erinnerungen an seine Zeit im Laboratorium weckt, von der Anwesenheit seines Mentors nicht begeistert ist, gibt es für ihn bald Grund zur Hoffnung: Auf einem unbekannten Planeten im Gamma-Quadranten glaubt Mora, Odos Ursprung gefunden zu haben...

Nach langem Krieg haben die Rassen der T´Lani und Kelleruner sich zu einem Friedensabkommen durchgerungen. Zwei Abgeordnete der Föderation - Chief O´Brien und Dr. Bashir - sollen den Wissenschaftlern der beiden Rassen dabei helfen, ihre biochemischen Harvester-Waffen zu vernichten. Doch kurz nachdem die letzte der Superwaffen zerstört ist, erscheint ein Einsatzkommando und tötet die anwesenden Wissenschaftler...

Als O'Brien von einer Sicherheitsmission zurückkehrt, muß er feststellen, dass sich alle an Bord der Raumstation - seine Frau eingeschlossen - gegen ihn gestellt haben. Auf der Suche nach der Wahrheit entrinnt er mehr als nur einmal gerade so dem Tod. Wie sich herausstellt, ist er nicht der wahre O'Brien, sondern sein eigener Doppelgänger...

Sisko und O'Brien stranden auf einem fremden Planeten. Zu allem Überfluss versagt ihre komplette Ausrüstung den Dienst. Als sie auf eine Kolonie von Humanoiden treffen, berichten diese, dass auf diesem Planeten überhaupt keine technischen Gerätschaften funktionieren. Die Führerin dieser utopischen Gesellschaft versucht, Sisko zu ihrem Leben zu verführen. O'Brien deckt jedoch auf, dass die Führerin der Kolonie ein duonetisches Feld installiert hat, das jegliche Technik funktionsunfähig macht, um ein Leben frei von Technologie führen zu können...

Dax und Odo messen auf einem unerforschten Himmelskörper im Gamma-Quadranten ein ungewöhnliches Partikelfeld. Als sie zur Landung ansetzen, werden sie von den Einwohnern gefangengenommen und mit dem Rätsel konfrontiert, dass Personen spurlos verschwinden. Wie sich herausstellt, handelt es sich bei den Einwohnern, bis auf einen, um Hologramme...

Arjin, ein Trillstudent, wird von Dax auf die Vereinigung mit seinem Symbionten vorbereitet. Nebenbei muß sich Jadzia mit einem von ihr entdeckten Mikrokosmos auseinandersetzen, der beständig expandiert und zu einer tödlichen Gefahr für DS9 zu werden droht. Die Loyalität der Trill wird auf eine harte Probe gestellt...

Drei Cardassianer, darunter die frühere Liebe von Quark namens Natima, kommen auf einem durch Disruptor-Beschuß beschädigten Schiff auf DS9 an. Die Cardassianer verlangen ihre Auslieferung. Als eine Flotte cardassianischer Schiffe die Station attackiert, um die Herausgabe der Abtrünnigen zu erzwingen, setzt Quark sein Leben aufs Spiel, um die Geliebte in Sicherheit zu bringen. Dabei gerät er auch in Konflikt mit Garak, der von seiner Regierung angehalten wird, Natima zur Strecke zu bringen...

Drei Klingonenveteranen treffen auf DS9 zusammen, um den alten Blutschwur einzulösen, den sie sich einst gaben: Den unheimlichen Albino zu töten, der vor achtzig Jahren ihre Söhne ermordet hat. Als Jadzia von der Anwesenheit der drei erfährt, werden Erinnerungen wach. Curzon Dax war nämlich mit den drei klingonischen Recken eng befreundet - und nahm an ihrem Blutschwur teil. Obwohl das Trio Jadzia von der Pflicht ihres Vorgängers entbindet, möchte die junge Frau ihre klingonischen Freunde begleiten, um die Angelegenheit nach achtzig Jahren endlich zu Ende zu bringen...

Sisko und Gul Dukat kämpfen gemeinsam in einem Versuch, einen Krieg zwischen den Cardassianern und einer abtrünnigen Gruppe der Föderation, dem "Maquis", zu verhindern, die von einem alten Freund Siskos geführt wird. Die "Maquis" sind eine Untergrundorganisation, die von abtrünnigen Sternenflotten-Offizieren angeführt werden und die einen Untergrundkampf gegen die Cardassianer führen. Die "Maquis" beschäftigten bereits die Crew der Enterprise...

Sisko und Gul Dukat kämpfen gemeinsam in einem Versuch, einen Krieg zwischen den Cardassianern und einer abtrünnigen Gruppe der Föderation, dem "Maquis", zu verhindern, die von einem alten Freund Siskos geführt wird. Die "Maquis" sind eine Untergrundorganisation, die von abtrünnigen Sternenflotten-Offizieren angeführt werden und die einen Untergrundkampf gegen die Cardassianer führen. Die "Maquis" beschäftigten bereits die Crew der Enterprise...

Garak, der von einem Gehirnimplantat gequält wird, wendet sich an Quark, der daraufhin erfolglos versucht, von Glinn Boheeka die Pläne des Implantats in Garaks Kopf zu beschaffen. Daraufhin versucht Bashir, Garak zu helfen und fliegt später nach Cardassia Prime, um dort von Garaks ehemaligem Freund Enabran Tain Informationen über cardassianische Leukozyten zu bekommen. Das Implantat erhielt Garak vom obsidianischen Kommando, dem Geheimdienst Cardassias, dem er angehörte, um ihn bei Verhören durch feindliche Kräfte immun gegen Schmerzen zu machen...

Kira und Bashir gelangen beim Durchflug des Wurmlochs durch eine Fehlfunktion in das Paralleluniversum, das bereits Kirk seinerzeit durch einen Transporterfehler besucht hatte. Dort stieg Spock nach dem Zusammentreffen mit James Kirk - einer der berühmtesten Namen in jenem Universum - zum Oberbefehlshaber des Imperiums auf, das dann aufgrund der Schwäche nach Spocks Friedensreformen durch die Allianz aus Cardassianern und Klingonen vernichtet wurde. Als Bajor von den "Terranern" befreit wurde, traten sie der Allianz bei. DS9 ist hier die Bergbaustation "Terek Nor", die von einer diktatorischen Kira geführt wird...

Auf Bajor soll ein neuer Kai, der religiöse Führer, gewählt werden. Vedek Winn versucht, ihren Kontrahenten Vedek Bareil in Misskredit zu bringen, indem sie ihm den Verrat des bajoranischen Dorfes im Kendra-Valley an die Cardassianer anhängt. Wie sich später herausstellt, deckte Vedek Bareil damit Kai Opaka, die das Dorf mit den bajoranischen Rebellenführern verriet und damit ihren Sohn und 43 andere Bajoraner opferte, und damit einen regelrechten Feldzug der Cardassianer gegen andere Dörfer verhinderte...

O'Brien wird von den Cardassianern inhaftiert und zu ihrem Heimatplaneten Cardassia Prime gebracht. Dort soll er bei einer Gerichtsverhandlung, dessen Ausgang von vornherein feststeht, zum Tode verurteilt werden. Odo entlarvt einen angeblich alten Freund O'Briens als genetisch veränderten Cardassianer, der O'Brien belasten sollte...

Um seinem Sohn eine Freude zu machen, nimmt Commander Sisko Jake auf einen Ausflug in den Gamma-Quadranten mit . Auch Quark und sein Neffe Nog sind - sehr zum Leid von Sisko - mit von der Partie. Die vier campieren auf einem Waldplaneten, als plötzlich eine Frau auftaucht, die von den Jem´Hadar verfolgt wird. Noch ehe Sisko und Quark etwas unternehmen können, werden auch sie von den Jem´Hadar, einer Rasse außerirdischer Krieger, gefangen genommen und abgeführt. Wie Sisko erfährt, sind die Jem´Hadar die besten Krieger des Dominion, einer geheimnisvollen Macht, die den Gamma-Quadranten beherrscht und keine Einmischung wünscht...